华盛顿大选前夕，一名特工队长张云天获得命令返回纽约，并与特工梅琳达汇合，破坏一项名为“夜魅”的秘密计划，任务代号“暗夜行动”。中情局派遣了特工组织“雷霆团队”来阻止这项计划。然而，由于指挥失误，雷霆团队损失惨重。张云天也因为兵力不足，无法对敌人造成重大打击。为了成功完成任务，张云天说服了梅琳达，不计政见的合作作战。张云天和梅琳达与甘纳特为首的邪恶势力展开了一系列殊死对抗，梅琳达、张云天等人在战斗中英勇献身。最终，张云天和甘纳特在纽约市民的支持下，击败了邪恶势力的暗夜计划。通过与张云天等特工的协作，梅琳达意识到只有以特工为核心的国际联盟，才能战胜这场全球危机，她毅然决定投身特工行列，与张云天一起继续抗击犯罪力量。