经历了前一部的血腥冲突后，主人公伯恩（马特·达蒙 饰）和他的爱人玛丽（弗兰卡·泼坦特 饰）选择了隐居在印度偏僻的海边小镇，企图摆脱过去的生活。然而，他们的宁静生活被一次意外打破，一个神秘组织的职业杀手出现在小镇上。这个杀手的到来不仅让伯恩和玛丽的二人世界陷入了混乱，更悲剧的是，在逃亡过程中，玛丽被枪杀身亡。