1949年，解放军和平解放新疆，新疆军区正式成立，甘祖昌担任后勤部副部长。当时，一些敌特组织支持投机分子在新疆制造物价混乱，垄断黄金银圆，企图削弱解放军的经济实力。甘祖昌以低价将银圆投放到市场上，打击了奸商的嚣张气焰，稳定了市场局势，也稳定了新疆的政治形势。然而，为了报复甘祖昌，敌特分子制造了一次车祸，导致他头部严重受伤。1955年，甘祖昌因对国家的杰出贡献被授予少将军衔，而与他同村出生入伍的李保山则受到校衔的表彰。然而，李保山却对甘祖昌嫉妒心泛滥，违纪后被解职回乡。甘祖昌因脑震荡遗留严重后遗症，自知无法再继续为军队效力，再加上他回到家乡后看到尽管解放了但生活依然贫寒，于是主动请辞，解除了军装，回到了江西莲花县沿背村。回到家乡后，他不辞辛劳，继续为家乡的经济建设做出贡献。他克服了无数困难，修整水田、治理旱地，修建水库，还创建了公社农科所等项目，使农民的生活得到了很大改善。甘祖昌不贪图高位，而选择了奉献，不图享受，而甘于奋斗的精神成为了其他领导干部的榜样，也彰显了那个时代的先锋精神。