ある日、普通の高校生である深町晶は、偶然、奇妙なカプセルを見つける。その中から不思議な物体が飛び出し、晶はそれに包まれながら川に転落してしまう。同じ頃、彼女のガールフレンドである瀬川瑞紀のもとに、謎の怪物や男たちが近づいてくる。そんな中、川から現れたもう一体の怪人が、超獣兵器と呼ばれる強化された怪人たちを撃退。男たちの正体は秘密結社の一員で、そのカプセルは人間を強化するために作られた特別な装置だった。晶は、その装置を使い、「ガイバーI」へと変身する能力を手に入れる。そして、彼と秘密結社の間で熾烈な戦いが繰り広げられていく。