在一个狂风暴雨的日子里，被困在狭小牢房的一只小兔子成功逃离，引起黑猫警官的极大关注。第二天清晨，崇拜黑猫警官的小老鼠克莱被他的伙伴大威拖走，悄悄进入即将开业的绿宝石之心博物馆。这座博物馆的前身是一艘宇宙飞船，六十年前由绵山博士亲自设计建造。正当两个小伙伴玩得不亦乐乎的时候，他们突然看见了神秘的阴影和一个外貌威猛的恶棍。这个人声称自己曾受到绵山博士的背叛，得知绵山博士已经过世后，他变得愤怒无处发泄。狡猾的小兔子刺激他将复仇的目标转向全城居民，在博物馆开业的后天绑架所有市民。