离暗杀老师（由二宫和也配音）最后期限的剩余时间越来越少，他一直潜伏在三年E班中的神秘武器也开始行动。茅野枫（由山本舞香饰）带着深深的仇恨，展现出久藏心底的决心，试图对杀老师发动致命袭击。这一事件也给杀老师提供了机会，他讲述了自己与E班曾经的代课老师雪村亚久里（由桐谷美玲饰）之间永难忘怀的故事。围绕着是否继续进行暗杀行动，潮田渚（由山田凉介饰）、赤羽业（由菅田将晖饰）等人分成两派，一方面力图拯救杀老师的生命，同时也试图拯救地球免于毁灭。与此同时，沉默许久的各国政府也开始酝酿最终行动，而作为一切混乱的根源，白先生（由成宫宽贵饰）也成为决定杀老师命运的重要角色。师生告别的时刻终将到来......