《莫那鲁道的彩虹桥》故事发生在公学，莫那鲁道带领族人斩杀了异族血祭祖灵后，获得了通过彩虹桥的资格。然而，此举引起了日本雾社的注意，他们派出陆军少将镰田弥彦率领联合部队前来讨伐。与此同时，马赫坡等社也开始行动，利用地形优势和战术技巧，给予日军先头部队重创。 山地警察小岛成功说服了部族的首领铁木瓦力斯加入日军阵营，成为协助围攻莫那鲁道的助手。战争初期，随着部落向密林转移，妇女和孩子们为了不拖累战士们，纷纷选择了自尽。而在这个矛盾的环境中，一郎也做出了切腹的选择。 镰田弥彦对部队缓慢推进感到强烈的愤怒，为了对付赛德克人，他不惜使用了糜烂性炸弹。在火光中，莫那鲁道迎来了最后决战的时刻……