明治维新运动后过去了十二个长年，日本跨入了一个全新的纪元。昔日英勇威严的刽子手绯村剑心如今已经转变为一个持和平主义立场的人，与他的朋友们在东京过着宁静的日子。一天夜晚，剑心最钟爱的餐厅遭到了无情的火炮袭击，只能留下一张纸条，上面写着“人将尽诛”。这预示着某个人准备为天行道，离审判之日已不远了。这个人名叫雪代缘，对剑心怀有深深的敌意，并带着一帮手下前来复仇。剑心目睹了无数无辜者卷入这场可怕的战斗，最终他将面临审判，而在此过程中寻求过去的救赎。