穿越时空，来到明治时代的剑心绯村（由佐藤健饰演）已经适应了生活在神谷道场的宁静。然而，命运再次将他拉回现实，他的昔日战友大久保利通（由宫泽和史饰演）请他出山。原来，曾经继承了剑心刽子手身份的志志雄真实（由藤原龙也饰演）在倒幕战争中被背叛，幸存下来后，他秘密策划着一个可怕的计划，试图称霸日本。大久保过世后，剑心感受到了无法推卸的责任之重，只身上路。在旅途中，他偶遇京都女忍者卷町操（由土屋太凤饰演），并且与志志雄在新月村有过第一次交锋。与此同时，剑心的朋友相乐左之助（由青木崇高饰演）、神谷薫（由武井咲饰演）、明神弥彦（由大八木凯斗饰演）、斋藤一（由江口洋介饰演）也接连赶往京都。在这个阴云密布的时代，一场席卷全国的风暴即将来临......